A Fundação Adib Jatene tem em sua estrutura três órgãos administrativos – Conselho Curador, Diretoria Executiva e Conselho Fiscal – e de apoio sendo um Conselho Consultivo e uma Superintendência Geral.
Conselho Curador: órgão normativo, deliberativo e de controle da FAJ.
Diretoria Executiva: órgão de administração executiva da FAJ, cabendo-lhe cumprir a legislação pertinente do Estatuto e as deliberações do Conselho Curador, agindo em consonância com as finalidades institucionais. A Diretoria Executiva é composta por 3 membros escolhidos pelo Conselho Curador, sendo 01 Diretor Executivo e 02 Diretores Adjuntos.
Conselho Fiscal: órgão encarregado da fiscalização contábil e financeira da FAJ. Composto por 3 membros escolhidos pelo Conselho Curador.
Conselho Consultivo: órgão de consulta e aconselhamento do Conselho Curador, Diretoria Executiva e Superintendente Geral e no qual tem como finalidade colaborar com a realização dos objetivos da FAJ.
Superintendente Geral: Escolhido pelo Presidente do Conselho Curador, o superintendente tem como principal competência representar a FAJ, ativa e passivamente, judicial e extrajudicial bem como dirigir, orientar, coordenar e supervisionar as atividades da fundação.